A Japánhoz tartozó több mint 3 000 sziget Ázsia csende-óceáni partvidéke mentén fekkszik. A legjelentősebb szigetek északról dél felé haladva Hokkaidó, Honsú (a fő sziget), Sikoku és Kjúsú. A Rjúkú-szigetek (vagy más néven Nanszei-szigetek), beleértve Okinavát, Kjúsú szigetétől délre fekszenek. Ezeket a szigetek együttesen japán szigetvilágnak is szokták nevezni.

Az ország kb. 75%-a erdős, hegyes terület, amely alkalmatlan mezőgazdasági, ipari és lakossági használatra a meredek lejtők, a földrengések, a szélsőséges időjárás, a gyenge talaj és az esőzések által okozott földcsuszamlások végett. Ez azt okozza, hogy a lakható területeken a népsűrűség az egekig szökött, főleg a partvidéki területeken. Japán a harmincadik legsűrűbben lakott ország a világon.

A „felkelő nap országa” a csendes-óceáni, ún. „tűzgyűrűn” fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál, amely Japánban a gyakori földrengéseken és a vulkanikus tevékenységen érzékelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos szökőárakat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6 400 embert ölt meg).

Az éghajlat Japánban nagyrészt mérségelt, ám északról délre nagyban változatos. Japánt hat nagy éghajlati zónára lehet osztani:

Hokkaidó

Japán-tenger

Közép-Japán

Szeto-beltenger

Csendes-óceán

Délnyugati-szigetek