Az animének rengeteg műfaja létezik, ahogy a hagyományos, élőszereplős mozinak is. Kaland, sci-fi, gyerekmesék, romantika, középkori fantasy, erősen pornográf (hentai), okkult/horror, akció és dráma, a teljesség igénye nélkül.

A legtöbb anime átmenetet képez több műfaj között, és többfajta motívumot tartalmaz. Így az egyes filmek kategóriákba szorítása nehézségekbe ütközhet. Előfordul, hogy egy animének látszólag egyszerű története van a felszínen, de ezzel egyidőben létezik egy bonyolultabb, mélyebb cselekmény és karakterfejlődés. Szokásos, hogy egy akciódús anime humoros, romantikus vagy akár szívbe markoló elemeket is magában foglal. Ugyanúgy előfordulhatnak egy elsősorban romantikus animében erős akciójelenetek. Nem ritkák azok a történetek, amit látszólag viccesen bugyután kezdődnek, de a végkifejlet komoly, szívbemarkoló és a történetnek mondanivalója is lesz.

Anime- és manga-specifikus műfajok:

• Bishōjo (bishódzsó): japánul 'gyönyörű lány', olyan animék összefoglaló neve, amikben csinos lányok szerepelnek, például a Magic Knight Rayearth
• Bishōnen (bisónen): japánul 'gyönyörű fiú' olyan animék összefoglaló neve, amikben szép és elegáns fiúk vagy férfiak szerepelnek, például a Fushigi Yugi
• Ecchi (eccsi): japánul 'illetlen szexualitás'. Könnyű szexuális humort tartalmaz, például a Love Hina. Az ilyennél csak szexuális utalás van: kilátszó fehérnemű. Fanservice-nek is nevezzük (mellékes a történetben, és általában a fiúk kedvéért)
• Hentai (hentáj): japánul 'abnormális' vagy 'perverz', általában nyugaton pornografikus vagy erotikus animét értik alatta. Japánban ezeket Poruno vagy Ero címen keresik. Pl.: Moon Light Lady
• Josei japánul 'fiatal nő', olyan anime vagy manga aminek fiatal nők képezik a célközönségét, ez az egyik legritkább műfaj.
• Kodomo japánul 'gyerek', kisgyermekek számára készült anime vagy manga, ilyen például a Doraemon.
• Mecha: óriás, többnyire ember által irányított robotokat felvonultató anime vagy manga, mint például a Mobile Suit Gundam vagy a Full Metal Alchemist.
• Moé: olyan anime vagy manga amiben nagyon pajkosak vagy cukik a szereplők, ilyen például a Little Snow Fairy Sugar. A moé önmagában is egy jellemző, tipikus moe karakter pl. egy szép, okos, de ügyetlen, szégyellős, szemüveges lány, mint pl Miyuki Takara a Lucky Star-ból.
• Progresszív: „művészfilmek”, vagy nagyon stilizált animék, például a Voices of a Distant Star.
• Seinen (szejnen): a Shōnenhez hasonlít, de tinédzserek vagy fiatal férfiak számára készül, például az Oh My Goddess!.
• Sentai/Super Sentai (szentáj, szuper hentáj): szó szerint „harci alakulat”, ezekben szuperhős-csapatok szerepelnek, ilyen például a Cyborg 009.
• Shoujo (Sodzso) (sódzsó): japánul 'fiatal hölgy' vagy 'kislány', lányok számára készített animék, ilyen például a Fruits Basket. Általában kifejezetten nőies témákat, problémákat vet fel a történet.
• Mahou Shoujo (Máho Sodzso): a sódzso alműfaja olyan történetekkel, amikben szerepet játszik egy vagy több, varázserővel felruházott lány, mint pl. a Sailor Moon.
• Shoujo-ai (Sódzso ai): japánul 'lányszerelem', olyan animére vagy mangára utal, amik női szereplők közötti szerelemre vagy románcra fókuszálnak. A shoujo műfajába sorolják, mivel leginkább fiatal lányoknak szánt animékről/mangákról van szó. Ilyen például a Revolutionary Girl Utena.
• Shounen (Sónen): japánul 'fiúk', azaz fiúk számára készített anime vagy manga, mint pl. a Dragon Ball Z.
• Shounen-ai (Sónen ai): japánul 'fiúszerelem', férfi szereplők közötti szerelemre vagy románcra fókuszál, Japánban egyre kevésbé használják ezt a kifejezést, mivel a pedofíliára utalhat, ezért inkább a "Boys Love"-ot (BL) használják. Gyakran a shōjo mangák közés sorolják őket, mivel olvasóik letöbbször fiatal lányok. A stílus egyik jellemző képviselője a Gravitation.
• Yaoi (jaoi): a shōnen-ai erotikusabb változata. Míg a shōnen-ai mangákban maximum csókjelenetek vannak, addig a yaoi gyakran tartalmaz részletesen megrajzolt szexjeleneteket. Például yaoi az Ai no Kusabi, Haru wo Daiteita.
• Yuri: A shōjo-ai erotikusabb formája, ugyanaz igaz rá, mint a yaoira és a shōnen-ai-ra. A hentai kategória is gyakran tartalmaz yuri jeleneteket, mint pl. a Sexy Demon Queen, mivel többnyire annak is a célközönsége a férfi nézők.